MSI
Inestabilidad Microsatélite
MSI es un marcador eficaz para el diagnóstico del síndrome de Lynch y la predicción del pronóstico en el tratamiento de ciertos tipos de cáncer. MSI también es un biomarcador aprobado para predecir la eficacia de los agentes inmunoterapéuticos anti-PD-L1 / PD-1, incluyendo Keytruda y Opdivo en tumores sólidos.
+ Descripción
La inestabilidad de microsatélites (MSI) es la condición de hipermutabilidad genética (predisposición a la mutación) que resulta de la reparación de desajuste de ADN alterado (MMR) en los tumores. MSI es un marcador eficaz para el diagnóstico del síndrome de Lynch y la predicción del pronóstico en el tratamiento de ciertos tipos de cáncer. MSI también es un biomarcador aprobado para predecir la eficacia de los agentes inmunoterapéuticos anti-PD-L1 / PD-1, incluyendo Keytruda y Opdivo en tumores sólidos.
Algoritmo MSI
Utilizando un conjunto de entrenamiento de muestras de tumor / normal emparejadas con estado MSI conocido (medido por PCR), identificamos 19 de 43 loci de microsatélites mononucleótidos cubiertos por DIPPRECISION cuyas longitudes repetidas pueden reflejar de manera confiable el estado MSI de las muestras de tumores. Estos 19 loci se definen como el "conjunto de marcadores MSI".
Para cada muestra de tumor a analizar, el histograma de recuentos de lectura para diferentes longitudes de repetición de cada locus en el conjunto de marcadores MSI se compara con el de la muestra normal apareada utilizando la prueba U de Mann-Whitney. Un locus se considera inestable si el valor P es menor que 0.05.
El porcentaje de loci inestables en el conjunto de marcadores MSI se calcula como la puntuación NovoPM MSI. Los siguientes umbrales se establecen con otro conjunto de muestras de entrenamiento:
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Puntuación de MSI> 0,23: la muestra de tumor es MSI.
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0.23 ≥ puntuación MSI ≥ 0.17: el estado de MSI de la muestra de tumor no se puede determinar con este método. Se recomienda el uso de un método convencional (por ejemplo, PCR).
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Puntuación de MSI <0,17: la muestra de tumor es MSS.
