La principal ventaja de las matrices genómicas en la detección de aberraciones estructurales es que pueden proporcionar información sobre miles de objetivos en un solo experimento que puede resolver cualquier cambio en el número de copias, desde el nivel de gen, cromosoma hasta genoma. Típicamente, un alto número de sondas en la región de codificación de genes respaldados por sondas de esqueleto en las regiones no codificantes permite la detección de no solo previamente descritas, sino también nuevas alteraciones en regiones de interés.

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El Arreglo CGH nos permite determinar de manera rápida y eficiente la abundancia relativa de secuencias de ácido nucleico en la muestra objetivo. El método utiliza una gran cantidad de tramos cortos de ADN sintético que sondean varios loci genómicos dispersos por todo el genoma. La muestra de ADN objetivo está marcada e hibridada con las sondas de ADN localizadas en una superficie de matriz sólida. Sobre la base de la cantidad relativa de la sonda hibridada con cada punto objetivo, se obtiene información sobre la abundancia de secuencias de ácido nucleico específicas dentro de la muestra.